一些分公司或许会遇到这样的情况，由于分公司与总公司发生了债务纠纷或不服从总公司管理，但自身还有许多工程正在进行中，一方面拿不出管理费来维系与总公司的关系，另一方面却仍然想要继续分公司的经营，这种情况下，总公司为了维护自身利益，往往会选择注销分公司。但是如果遇到分公司不配合，总公司应该怎么办呢？ 

其实对于不配合注销公司，总公司一般来说可以采取强制注销的方法，具体的注销程序为： 

1、总公司启动注销程序日起，会在分公司当地的各大报纸刊登注销公告，告知广大群众、甲方、材料商等，分公司不得再以总公司的名义承接任何工程项目。 

2、总公司有可能会发函给分公司负责人的相关单位，告知分公司注销的原因，负责人存在的过错等，先关单位包括分公司负责人所在地的居委会、工作单位、曾经的学校等等，对于负责人的声誉有很大影响！ 

3、总公司会跟行内、圈内的其他公司发函告知分公司负责人的违约情况，分公司负责人可能在行内会举步维艰 

4、分公司一般对总公司交有保证金，涉及到强制注销，总公司一般情况下不会返还与分公司保证金，且强制注销过程中的所有费用，都会有分公司承担或在保证金中一并扣除 

5、分公司是没有独立法人的，总公司可申请税务对分公司进行查账查税，一旦出现问题，总公司有可能会提出起诉，政府相关部门也会对分公司进行罚款 

6、总公司可对工商部门出示总公司相关，提出注销分公司的申请 

终上所述，一般总公司为了双方利益，不会无故注销分公司，但如果因种种原因要进行注销，建议分公司可以配合办理，毕竟分公司不具有独立法人资格，总公司可以单方面强行注销分公司，可以禁止分公司使用的总公司商标、资质等所有东西。 强制注销对于分公司百害而无一利，建议分公司在遇到问题时能与总公司友好协商，共同解决问题。

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