1、目的的不同

计算机软件著作权登记---属于权利上的登记，目的在于确权，为今后追究第三方侵权留下足够的证据;

软件产品登记---目的在于投放市场，确保拥有一个合法的身份。

2、负责管理和登记的部门的不同

负责管理和登记的部门不一致。计算机软件著作权登记部门为中国版权保护中心;软件产品登记：国内软件产品登记由各省市软件行业协会予以受理和认定。进口软件产品(含进口软件本地化产品)的登记申请，统一由中国软件行业协会受理，最终经信息产业部审查批准后，核发软件产品登记号和软件产品登记证书。并由信息产业部审核备案。

3、保护期限的不同

软件著作权自软件开发完成之日起产生。自然人的软件著作权，保护期为自然人终生及其死亡后50年，截止于自然人死亡后第50年的12月31日;软件是合作开发的，截止于最后死亡的自然人死亡后第50年的12月31日。法人或者其他组织的软件著作权，保护期为50年，截止于软件首次发表后第50年的12月31日，但软件自开发完成之日起50年内未发表的，本条例不再保护。 软件产品登记保护期限为5年 。