税法规定
《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》第十条规定，销售服务、无形资产或者不动产，指有偿提供服务、有偿转让无形资产或者不动产。第十一条规定，有偿，指取得货币、货物或者其他经济利益。
财税〔2016〕36号文件附件2：《营业税改征增值税试点有关事项的规定》第一条第四款进项税额中规定，适用一般计税方法的试点纳税人，2016年5月1日后取得并在会计制度上按固定资产核算的不动产，或者2016年5月1日后取得的不动产在建工程，其进项税额应自取得之日起分2年从销项税额中抵扣，第一年抵扣比例为60%，第二年抵扣比例为40%。取得不动产，包括以直接购买、接受捐赠、接受投资入股、自建以及抵债等各种形式取得不动产，不包括房地产开发企业自行开发的房地产项目。
综合上述规定，企业将无形资产、不动产投资入股换取被投资企业的股权行为，属于有偿取得“其他经济利益”，且被投资企业取得不动产包括接受投资入股形式取得的不动产，其进项税额同样准予从销项税额中抵扣。这就意味着投资企业以不动产投资应缴纳增值税，并可计算销项税额、开具增值税专用发票，交给被投资企业作为抵扣进项税额的凭据，打通了增值税“环环征收、层层抵扣”的链条，从而说明以不动产投资入股行为列入了增值税“销售不动产”税目的征税范围。因此，营改增后企业以无形资产、不动产投资入股行为，应按有偿销售不动产、无形资产行为征收增值税。
至于股权转让是否征收增值税问题，从财税〔2016〕36号文件附件1：《营业税改征增值税试点实施办法》所附《销售服务、无形资产、不动产注释》中看，此次营改增试点征收范围不包括股权转让行为，也就是说，股权转让行为不属于营改增试点征收范围，因此，笔者认为，股权转让行为原来不征营业税，营改增后也不征增值税。
会计规定
根据《企业会计准则第2号——长期股权投资》规定，非企业合并情况下通过非货币性资产交换取得的长期股权投资，其初始投资成本应当按照《企业会计准则第7号——非货币性资产交换》确定。投资企业对被投资单位具有共同控制或重大影响的长期股权投资应当采用权益法核算，并分下列情况处理：长期股权投资的初始投资成本大于投资时应享有被投资单位可辨认净资产公允价值份额的，不调整长期股权投资的初始投资成本，小于时，计入当期损益，同时调整长期股权投资的成本。
假如以固定资产投资入股相关会计分录：
借：固定资产清理
累计折旧
贷：固定资产
借：长期股权投资
贷：固定资产清理
应交税费——应交增值税（销项税额）
营业外收入（贷差）。
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