自建邮件系统是用户自行采购邮件服务器、邮件系统软件、邮件网关等软硬件设备来部署。一般采用自建邮件系统方式的单位，都是配备有专业维护人员的，如果使用像Exchange、Lotus等国外邮件系统产品，对维护人员的要求则很高，如果是采用国内软件产品，一般是可视化、图形化后台管理，管理较符合国人习惯。自建邮件系统能够使企业独享安全、稳定的网站与电子邮件通信系统，适合具有较大规模的企业及单位，一般投入成本较高。
外包企业邮箱提供的服务更具专业化，能极大程度上满足企业用户需求，对于中小企业企业而言，选择外包模式无疑更加适合企业的日常使用需求。 长期以来，两者彼此共存，从而使不同层次客户的需要均能得到满足。同时，自建企业邮箱与外包企业邮箱之间也存在一定程度的转化和竞争。 一部分外包邮箱企业用户由于企业自身的发展与扩张而转向使用自建邮件系统，一部分自建邮箱企业用户则由于自身体验等原因选择放弃原有的自建邮箱转而选择外包企业邮箱服务产品。自Research Report中国外包企业邮箱市场研究报告，业内人士预计，随着时间的推移，将有越来越多的企业采用外包企业邮箱。同时在中国外包企业邮箱市场研究报告中，目前腾讯企业邮箱市场份额以及用户量均全国第一。
自建企业邮箱一般存在的问题如下几点：
1：服务器硬件稳定性安全性较低
2：存在单点故障风险
3：没有备份机制
4：没有负载处理机制
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